ТОО «Национальная морская судоходная компания «Казмортрансфлот» создано постановлением Правительства Республики Казахстан от 4 декабря 1998 года №1239. Акционером Общества является АО «Национальная компания «КазМунайГаз», которому принадлежит 100% пакета акций. Главной целью деятельности ТОО «НМСК «Казмортрансфлот» является создание национального морского торгового флота Республики Казахстан и организация международных морских перевозок отечественных грузов собственными силами. Деятельность КМТФ регулируется международными конвенциями и национальными нормативными актами. В январе 2002 года принят Закон Республики Казахстан «О торговом мореплавании», который определяет правовые, организационные, экономические и международные основы государственного управления в сфере торгового мореплавания и регулирует отношения, связанные с перевозкой грузов, пассажиров и багажа, обеспечением безопасности на морском транспорте и охраной окружающей среды. Основы для дальнейшего развития Общества на среднесрочный период заложены в «Программе создания национального морского торгового флота на 2004-2006 годы», утвержденной постановлением Правительства Республики Казахстан от 13 июля 2004 года №763. Постановлением Правительства Республики Казахстан от 22 августа 2003 года №850 «Об утверждении перечня налогоплательщиков, подлежащих республиканскому мониторингу» ТОО «НМСК «Казмортрансфлот» включено в число крупных налогоплательщиков Республики Казахстан. Приказом Председателя Агентства по регулированию естественных монополий и защите конкуренции Республики Казахстан от 3 декабря 2003 года №186–ОД ТОО «НМСК «Казмортрансфлот» включено в государственный Регистр естественных монополистов в части осуществления погрузочно-разгрузочных работ в Актауском морском международном порту.